Istoria Ayia Napa este strans legata de faimoasa sa manastire, care dateaza din perioada venetiana din jurul secolului al XVI-lea. Numele orasului, care inseamna „Valea Padurita Sfanta”, provine de la descoperirea unei icoane a Fecioarei Maria intr-o pestera, care a condus la infiintarea manastirii. Initial, zona era slab populata, atragand in principal calugari si vanatori. Abia la sfarsitul secolului al XVIII-lea, Ayia Napa a inceput sa se dezvolte ca asezare, in principal de pescari din Salonic.