Oamenii au locuit in Santorini din perioada neolitica, in jurul anului 3600 i.Hr. Civilizatia minoica a locuit in Santorini in anul 2000 i.Hr. In jurul anului 1600 i.Hr., a avut loc una dintre cele mai mari eruptii vulcanice din istoria insulei Santorini, cunoscuta sub numele de eruptia Thera. Acest eveniment catastrofal a dus la declinul civilizatiei minoice.